太陽的光球表面有時會出現一些暗的區域，它是磁場聚集的地方，這就是太陽黑子。黑子是太陽表面可以看到的最突出的現象。一箇中等大小的黑子大概和地球的大小差不多。

黑子的形成和消失要經歷幾天到幾個星期不等。當強磁場浮現到太陽表面，該區域的背景溫度緩慢地從6000攝氏度降至4000攝氏度，這時該區域以暗點形式出現在太陽表面。在黑子中心最黑的部分被稱作本影，本影是磁場最強的區域。本影周圍不太黑、呈條紋狀的區域被稱為半影。黑子隨太陽表面一起旋轉，大約經過27天完成一次自轉。

長期的觀測發現，黑子多的時候，其他太陽活動現象也會比較頻繁。黑子附近的光球中總會出現光斑，黑子上空的色球中總會出現譜斑，其附近經常有日珥（暗條）。同時，絕大多數的太陽爆發活動現象也發生在黑子上空的大氣中。因此，從太陽大氣低層至高層，以黑子為核心形成一個活動中心——太陽活動區。黑子既是活動區的核心，也是活動區最明顯的標誌。