黑質在大腦腳底與中腦被蓋之間有一大的灰質團塊是黑質,見於中腦全長。黑質細胞富含黑色素,是腦內合成多巴胺的主要核團。黑質主要與端腦的新紋狀體(尾狀核和殼核)有往返纖維聯絡。由於某些原因使黑質細胞變性,多巴胺合成減少,是引起震顫麻痺 (Parkinson病)的主要病因。在正常生理狀態下,黑質是調節運動的重要中樞。