盟旗制度是清朝為分化蒙古族，控制其上層貴族而實行的政治制度。天命九年(1624)後金統治者對歸附的蒙古部眾，按八旗組織原則在其原有社會制度基礎上編制旗分，後復以此辦法陸續安置歸附的蒙古諸部。至乾隆三十六年(1771年），土爾扈特部蒙古返歸中國後，全蒙古部眾悉數被納入盟旗體制。此制自初置至完備，歷時一百四十多年。

盟（蒙語：аймаг）為旗的會盟組織，合數旗而成。每盟設盟長一人、副盟長一人，原由盟內各旗札薩克在會盟時推舉，後改由理藩院就盟內各旗札薩克中籤請皇帝派人兼攝。喀爾喀蒙古各盟是在部的基礎上建立的，所以部長又是盟長。

盟並非一級行政機構，盟長的主要任務是充當三年一次的會盟召集人，履行比丁、練兵、清查錢穀、審理重大刑名案件等職責，但無發兵權，不能直接干涉各旗內部事務，也無權向各旗釋出命令，只是對盟內各旗札薩克實行監督，有責任隨時告發札薩克的不法或叛逆行為。厄魯特蒙古各盟則不設盟長，其盟務由該管地區將軍或辦事大臣直接掌管。

旗（蒙語：хошуу）是清廷設在蒙古地區的行政、軍事單位，也是清朝皇帝賜給旗內各級封建主的世襲領地。旗是經過編織佐領，安置屬民，分給牧地，劃定旗界，任命札薩克形成的。任命札薩克時，不但要考慮在部內的影響及地位，而且還要考慮對清廷是否忠順有功。