菌落，是指由單個微生物細胞或一堆同種細胞在適宜固體培養基表面或內部生長繁殖到一定程度，形成以母細胞為中心的一團肉眼可見的、有一定形態、構造等特徵的子細胞集團。各種微生物在一定條件下形成的菌落特徵，如大小、形狀、邊緣、表面、質地、顏色等，具有一定的穩定性，是衡量菌種純度、辨認和鑑定菌種的重要依據。菌落特徵與微生物的菌體形態結構特徵密切相關。例如，細菌、酵母菌不形成菌絲，其菌落僅生長在固體培養基表面，與培養基結合不緊密，可用接種工具將其全部挑起；而放線菌、黴菌的菌體大多分化為營養菌絲與繁殖菌絲，營養菌絲深入培養基中吸取營養，具有與培養基結合較緊，不易挑起等特徵。

通常是細菌在固體培養基上（內）生長發育，形成以母細胞為中心的一團肉眼可見的、有一定形態、構造等特徵的子細胞的集團，稱之為菌落。