階段一、反應場所:細胞質基質。反應式:C6H12O6酶→2C3H4O3(丙酮酸)+4[H]+少量能量 (2ATP)(4[H]為4NADH)。階段二、反應場所:線粒體基質。階段三、反應場所:線粒體內膜。
階段二反應式:2C3H4O3(丙酮酸)+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量 (2ATP)(20[H]為16NADH和NADPH)。
階段三反應式:24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量(34ATP) (24[H]為10×2NADH和2×FADH2)。
有氧呼吸的總反應式是:C6H12O6+6H2O+6O2→6CO2+12H2O+大量能量(最多38個ATP,一般是29-30個ATP)。