果蠅大多數是被水果腐爛或香甜的氣味吸引過來的。果蠅常在腐爛的水果中生長和繁殖,成蟲常見於腐敗植物及果子周圍,產卵於其中,幼蟲孳生於腐敗水果或其它腐敗植物質中。因此在腐爛的水果及蔬菜上、垃圾堆、廚房等地方會見到果蠅蹤跡。
在自然界裡,果蠅常出沒在花叢中、腐草下、果園裡、菜地間、林蔭樹上流出的汁液、森林中的腐爛樹皮、朽株、落葉,以及肉質的真菌上,如木耳、蘑菇等。
果蠅的代表物種是黑腹果蠅,其成蟲為舐吸式口器,主要以舐吸水果汁液為食,對發酵果汁和糖醋液等具有較強的趨向性。